Quatro jovens de Uru caem em um buraco, encontrando a caverna do Cristal do Vento (Wind Crystal), o cristal lhes diz que foram escolhidos como os guerreiros da luz (Light Warriors) para restaurar o balanço entre as forças da luz e trevas, após várias batalhas eles adquirem uma Airship e partem para o continente flutuante, apenas para descobrir que o mundo inteiro está imerso em água. Com ajuda de Elia e do cristal da água (Water Crystal) a água recua.
Eles sobem a Torre do Cristal (Crystal Tower) para encontrar Zande, um poderoso mago corrompido pela busca de poder, que acreditam ser a causa dos problemas, mas após derrotá-lo, deparam-se com uma nuvem negra (Dark Cloud), então rumam para o Dark World onde encontram suas contrapartes os guerreiros das trevas (Dark Warriors) que acabam por ajudá-los a restaurar a paz aos dois mundos.
O jogo possui um sistema de jobs (empregos ou classes) muito bom, podendo mudar de classe em qualquer parte do jogo, similarmente ao que ocorre em Final Fantasy V.
Final Fantasy III possui um segredo, existe uma cidade fora de rota chamada Gisaaru, la'você pode encontrar a sala dos programadores. Assim como Final Fantasy II é possível encontrar um patch na rede para traduzir a rom para o inglês.