O império maligno de Baramekia matou os pais de quatro jovens, eles então aliam-se aos rebeldes ajudando-os como podem. Com o tempo eles tornam-se fortes chegando cada vez mais perto de derrotar o império, mas quando finalmente o confrontam, encontram um mal pior que estava por trásdas ações do império.
Os quatro jovens são Frionel, Guy, Maria e Lionheart, e foram reúnidos em sua busca por Hilda, uma maga benevolente, Paul o maior ladrão do mundo, Gordon herdeiro de Kashuon e Cid mestre das Airships.
Final Fantasy II levou a série a uma orientação mais linear, ou seja, menos quests que não fazem parte da história principal, o sistema é muito diferente do resto da série e parecido com a série Sa-Ga, quanto mais você usa uma perícia mais poderosa ela torna-se. Final Fantasy II nunca foi lançado em inglês, devido a dificuldades entre a Nintendo e a Square quando o jogo já estava quase todo traduzido, recentemente alguns programadores traduziram a ROM (programa do jogo) dumpeada (retirada, copiada) de cartucho, e alguns sites possuem a rom já traduzida ou instruções para fazer um patch sobre a versão original, então se você possui o jogo original em japonês, pode pegar a ROM na rede (sim, se você possui o jogo original pode usar a rom, é como se fosse um backup) e aplicar o patch sobre ela e jogar Final Fantasy II em inglês.